|
Tο Prototype 2, ξεκινάει 14 μήνες απο τότε που μολύνθηκε η Νέα Υορκη και μετατράπηκε σε εμπόλεμη ζώνη. Ο κύριος χαρακτήρας του παιχνιδιού είναι ο λοχίας James Heller, o οποίος πριν την έξαρση του ιού είχε απομακρυνθεί απο την Νέα Υορκη πηγαίνοντας στο πεδίο της μάχης αφήνοντας πίσω την γυναίκα και την κόρη του. Στο διάστημα της απουσίας του, ο Alex Mercel ελευθέρωσε τον θανατηφόρο ιό Blacklight σκοτώνοντας την οικογένεια του λοχία James Heller. Τώρα υπηρετεί στον στρατό και προσπαθεί να μην αφήσει τον ιό να ξεφύγει από την New York Zero.
Ο Heller επιθυμεί να πεθάνει και να πάρει μαζί του όσους περισσότερους μολυσμένους μπορεί αλλά στην τελευταία στρατιωτική αποστολή όλη η μονάδα του θα σφαγιαστεί από μια ομάδα μολυσμένων αφήνοντας τον ως τον μοναδικό επιζώντα και θα το φέρει αντιμέτωπο με τον Alex Mercer τον άνθρωπο που ευθύνεται για τον θάνατο της οικογένειας του , της πόλης του , της ζωής του.
Γεμάτος οργή ο Heller επιτίθεται στον Mercer αλλά οι ικανότητες του δεν είναι ίδιες με εκείνες του Mercer. Ο Mercer εντυπωσιάζεται από την ικανότητα του Heller να επιβιώνει και τον βλέπει πλέον ως ένα πολύτιμο στοιχείο για το μεγάλο του σχέδιο να τον μολύνει και να κάνει τον Heller πρωτότυπο του.
| 
